生物学・科学に関する雑感。

現在ウィスコンシン・マディソンに研究留学中


2012年06月03日

生態進化発生学

生態進化発生学―エコ‐エボ‐デボの夜明け [大型本] / スコット・F. ギルバート, デイビッド イーペル (著); Scott F. Gilbert, David Epel (原著); 正木 進三, 竹田 真木生, 田中 誠二 (翻訳); 東海大学出版会 (刊)

原書はEcological Developmental Biologyで、まさか翻訳されるとは思っていませんでした。うれしい誤算です。

近年、エコデボとして注目されている、生態学と発生生物学の融合分野ですが、実際にどのような研究プログラムが進行しているのか(これは、必ずしも研究者がエコデボをやっているという自覚が無い場合も含め)、概観するのに極めて優れた教科書です。原書が第1版ということもあって、少し生煮えな部分、訂正が必要な部分もあるようですが、とにかくエキサイティング。エコデボに限らず、生物学の未来や今後なされるべき統合に興味のある方も必読だと思います。

ヨーロッパからアメリカに移った研究者のカメムシが変態しなくなった"paper factor"の話、双子の加齢による差異の拡大とメチル化の話、イタリアのソラマメ中毒とマラリアの話など、読み物としても優れ、また研究の実例としても重要なエピソードも多く取り上げられています。
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2012年06月01日

進歩への希望 科学の擁護

進歩への希望―科学の擁護 (1978年) [−] / P.B.メダワー (著); 千原 呉郎,...

引き続き、メダワーの著作を読んでいます。これはいくつかの講演、書評などを寄せ集めたものです。話題は、科学と文学、精神分析について、人類の遺伝的改良、医学研究所における動物実験、など。また、ワトソンの「二重らせん」に対する書評もすばらしいです。
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2012年05月20日

太陽を曳く馬

太陽を曳く馬〈上〉 [単行本] / 高村 薫 (著); 新潮社 (刊)

仏教教理問答でたびたび言及されていて、読まずにはいられなかった作品。

村薫氏の小説は初めて読んだのですが、その重厚さと、芸術や宗教に関する深い思弁を惜しみなくサスペンス仕立てにしてしまう気前の良さにただ感心しました。僧侶の交通事故をめぐって刑事と僧侶たちの間で繰り広げられる対話と駆け引きの中で、登場人物それぞれの宗教観、芸術観を語らせるという形をとりながら、それが著者による宗教批評になっているという趣向です。
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2012年05月05日

科学の限界

科学の限界 (地人選書) [単行本] / ピーター・ブライアン・メダウォー (著); 加藤 珪...

イギリスらしい、所々に皮肉の利いた、シャープな科学論です。メダウォー(Medawar、メダワー)はドーキンスの作品でよく紹介されているので、手に入るものは読んでおこうと思って集め始めました。
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2012年05月02日

銃・病原菌・鉄

文庫 銃・病原菌・鉄 (上) 1万3000年にわたる人類史の謎 (草思社文庫) [文庫] / ジャレド・ダイアモンド (著); 倉骨彰 (翻訳); 草思社 (刊)

これも大変有名な読み物ですが、最近文庫版を入手してやっと読みました。かなり面白いです。

ヨーロッパとニューギニアでこれほど文明の発達スピードが異なっていたのはなぜか?という問いに始まり、世界各地の文明の相違を、その地域の地理的条件、動植物相の違いなどによって説明しようと試みた大作です。地球上で主要作物、主要な家畜になりうるものは数えるほどしか無く、偶然にそれらを利用できた土地、例えば肥沃三日月地帯(メソポタミアを中心とする地域)は小麦、エンドウ、オリーブ、羊、山羊、中国は米、アワ、コーリャン、豚、蚕を持ち、さらにユーラシア大陸は東西に長いので、作物や家畜が伝播しやすかったため、ユーラシアの諸文明が早くに発達したということです。

私はアメリカに住んでから、七面鳥、カボチャ類(ズッキーニ、スクワッシュ)、キヌアなど、新大陸の食べ物が結構好きなので、それらの歴史も楽しめました。

新しい版では日本に関する章が追加されているらしく、その章の全訳は以下で読めます。

ダイアモンド『銃、病原菌、鉄』2005年版追加章について 山形浩生
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2012年04月20日

Screening of Upregulated Genes Induced by High Density in the Vetch Aphid Megoura crassicauda

Screening of Upregulated Genes Induced by High Density in the Vetch Aphid Megoura crassicauda
ISHIKAWA A, ISHIKAWA Y, OKADA Y, MIYAZAKI S, MIYAKAWA H, KOSHIKAWA S, BRISSON JA, MIURA T
Volume 317, Issue 3, pages 194–203, March 2012
DOI: 10.1002/jez.1713

H大時代の後輩の論文が出版されたようです。ソラマメヒゲナガアブラムシは、母虫の育った環境の密度条件によって、子世代の有翅・無翅の比率が劇的に変わります。この特性を利用して、母から子への密度シグナルの正体に迫るべく、蛍光ディファレンシャルディスプレイと定量PCRを使って、高密度条件下で発現が高くなる遺伝子を同定したというものです。さらにいくつかの候補遺伝子の発現も比較しています。ところで、この実験に使われた系統はたしか元ボスの出勤中に肩にとまったアブラムシに由来しているはずです。この研究は非モデル生物におけるエコ・デボの試みであると同時に、身近な自然史でもあると思っています。
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2012年04月02日

脳のなかの幽霊

脳のなかの幽霊 (角川文庫) [文庫] / V・S・ラマチャンドラン, サンドラ・ブレイクスリー (著); 山下 篤子 (翻訳); 角川書店(角川グループパブリッシング) (刊)

とても有名な本で、ずっと気になっていたものですが、やっと読みました。事故などによって手足を切断された患者などにみられる「幻肢」という症状をはじめとする様々な症例と、それに基づいて発想された脳機能に関する考察を中心に構成されています。
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2012年04月01日

Evolution of shape by multiple regulatory changes to a growth gene.

Evolution of shape by multiple regulatory changes to a growth gene.
Loehlin DW, Werren JH.
Science. 2012 Feb 24;335(6071):943-7.

Nasonia(ヤドリコバチ)のオスの翅の大きさは近縁種の間でかなり異なっています。正攻法のQTLマッピングとイントログレッションにより、その違いを引き起こしている遺伝子とその制御領域まで特定したという仕事。注目したのがオスの形質で、オスは一倍体なので解析が単純であること、質の良いゲノム配列があること、種間交配がしやすいこと(もともとの生殖隔離がWolbachiaによるものなので、抗生物質処理一発で隔離が解消できる)など、有利な点が多くありますが、それにしてもとにかくマッピングの解像度がすごい。種間の形態形質で、ここまでの解像度の研究は今までなかったのではないかと思います。ちなみにこの仕事は筆頭著者のD論の一部で、彼はポスドクとしてうちの研究室に来ました。
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2012年02月22日

火星の人類学者

火星の人類学者―脳神経科医と7人の奇妙な患者 (ハヤカワ文庫NF) [文庫] / オリヴァー サックス (著); Oliver Sacks (原著); 吉田 利子 (翻訳); 早川書房 (刊)

様々な脳の障害をもつ患者との交流を通して、脳の機能と、人間性の構成要素を考察しています。日本のテレビ番組にも出ていた、見た風景を一瞬で記憶して、後で克明な絵に描くことが出来る自閉症の男性の話など。大変面白く、オリバー・サックスの他の著作も読んでみたいと思いました。
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2012年02月08日

Remarkable Creatures (New York Times)

うちのボスは、ニューヨークタイムズに連載を持っています。おもしろ生物ネタという感じですが、それをうまく一般的なテーマに結びつけていて、このスタイルは彼の日頃の教育活動にリンクしているようです。かつて、私も小ネタを提供したことがありました(フグの逸話)。

最新の記事は先月末のもので、サーベルタイガーと気候変動、絶滅の話です。

http://topics.nytimes.com/topics/news/science/columns/remarkable_creatures/index.html
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2012年02月03日

A toolkit for high-throughput, cross-species gene engineering in Drosophila.

A toolkit for high-throughput, cross-species gene engineering in Drosophila.
Ejsmont RK, Sarov M, Winkler S, Lipinski KA, Tomancak P.
Nat Methods. 2009 Jun;6(6):435-7.

Fosmidからハエに遺伝子を移す方法を勉強中。BACよりも扱えるサイズが小さいけれど、どのみち100kbくらいの大きいインサートはハエに入れる時の効率がとても低いそうなので、現実的にはFosmidで30kbくらいを扱うのが便利なのかもしれないと思います。
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2012年01月28日

はじめに線虫ありき―そして、ゲノム研究が始まった

はじめに線虫ありき―そして、ゲノム研究が始まった [単行本] / アンドリュー ブラウン (著); Andrew Brown (原著); 長野 敬, 野村 尚子 (翻訳); 青土社 (刊)

C. elegansの研究の初期から、その人材がヒトゲノム計画に関わって行くまでの出来事を追った読み物。たいへん勉強になりました。やはり大きな志を持って研究をしないといけないなと思う反面、線虫の研究のように全く新しい分野が興るというのは現代ではあり得るのかと考えてしまいます。これから先、何か巨大な潮流が待っているとしたら、やはりゲノム科学の先にあるのでしょうか。
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2012年01月23日

宮崎哲弥 仏教教理問答

宮崎哲弥 仏教教理問答 [単行本(ソフトカバー)] / 宮崎哲弥 (著); サンガ (刊)

評論家/コメンテーターとして著名な宮崎哲弥氏ですが、彼がいろいろな所で言っているのは、彼の本当の関心事は政治経済問題などではなく、宗教やサブカルチャーであるということです。中でも「専門」は仏教であり、そんな彼の初めての仏教書がついに出ました。

若手の僧侶5人との連続対談ですが、やはり宮崎氏の立ち位置はインド仏教哲学の中観派で変わりなく、大乗仏教の論客たちとの対話も、それなりの一致点は見いだしつつも、やはり納得しきっていない様子が随所に見られます。確かに、極楽浄土が実在する、などと言われるとちょっと私も引いてしまいます。氏の関心事は、数多くある宗派の教義のどこに矛盾があるか、そして、どんどん付け加わって来た新しい教義、解釈の、どれをどうはぎ取って、本当に取り上げるべき考え方(哲学)は何かを示すことにあるように感じます。今後の著作にも多いに期待します。
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2012年01月16日

偶然と必然

偶然と必然―現代生物学の思想的な問いかけ [単行本] / ジャック・モノー (著); 渡辺 格, 村上 光彦 (翻訳); みすず書房 (刊)

本年もよろしくお願い致します。

さて、これはラクトースオペロンで有名なモノーのエッセイですが、生物と人工物の違いから説き始め、自分の研究分野を人類の思想史の中に位置づけていく、非常に壮大かつストイックなものです。その思考の鋭さに、少々息苦しさすら覚えます。

私の現在のボスはエボデボの研究者なのに、好きな論文にラストースオペロンの論文を挙げるほどで、それまで私は退屈な教科書的な研究と思っていたので、大きく考えを改めさせられたものです。確かに彼らの研究は洗練されていて美しく、その結果の投げかけたものは大きいのですが、その背景には、当時の生物学が示すべき科学的事実は何か、という確固とした思想的背景があったことに驚かされます。

古い本ですが、非常に切り口はユニークだし、研究のありかたについての示唆に富んでいて、特に若い研究者にぜひ読んでもらいたいです。
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2011年11月18日

ダーウィンの危険な思想

ダーウィンの危険な思想―生命の意味と進化 [単行本] / ダニエル・C. デネット (著); Daniel C. Dennett (原著); 山口 泰司, 大崎 博, 斎藤 孝, 石川 幹人, 久保田 俊彦 (翻訳); 青土社 (刊)

デネットの進化哲学本。生物学の研究者にとっては、おそらく彼の著作の中で最も重要なものではないでしょうか。

ダーウィンの進化論が人類の思想に与えた影響を分析し、様々な話題、進化生物学上の問題に絡めて提示しています。例えば「種」と系統樹の関係であるとか、適応主義に関する論考など。とにかく大冊ですし、読んでいると色々な考えが浮かんでは消え、なかなか読み進まなかったですが、自分の研究テーマを考える上でも重要なヒントが隠されている気がする本でした(気がするだけかもしれない)。時間のある方はぜひ。

本書から小ネタをひとつ。インプットとしてスクランブルエッグを入れて、アウトプットとして生卵を取り出す装置はどのように作ればいいでしょうか?
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2011年11月17日

High-resolution melting curve analysis for rapid detection of mutations in a Medaka TILLING library.

High-resolution melting curve analysis for rapid detection of mutations in a Medaka TILLING library.
Ishikawa T, Kamei Y, Otozai S, Kim J, Sato A, Kuwahara Y, Tanaka M, Deguchi T, Inohara H, Tsujimura T, Todo T.
BMC Mol Biol. 2010 Sep 15;11:70.

メダカのTILLINGに、融解曲線解析によるスクリーニングを組み合わせたもの。この方法により、スクリーニング自体は非常に簡便かつ高速になっていると思います。分子生物学の部分に関しては、ちょっとこれ以上の高速化は思いつかないくらいです。

Non-modelのハエは、状況がメダカに似ていると思うので(純系は作れる、バランサーはなし、世代時間は数十日、ゲノム配列はある、トランスポゾンは入る)、この方法を使えないかと思っています。違いは、ハエは系統を凍結保存できないので、変異が入った染色体が失われないように維持するのが難しい点でしょうか。
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2011年11月16日

Target-selected mutant screen by TILLING in Drosophila.

Target-selected mutant screen by TILLING in Drosophila.
Winkler S, Schwabedissen A, Backasch D, Bökel C, Seidel C, Bönisch S, Fürthauer M, Kuhrs A, Cobreros L, Brand M, González-Gaitán M.
Genome Res. 2005 May;15(5):718-23.

TILLINGをショウジョウバエに応用した例のひとつ。

彼らは、Cel-Iという、DNAのヘテロ2本鎖を切断する酵素(セロリに由来するらしい)を使い、ヘテロ接合を検出しています。ハエの場合は、種子や精子を凍結保存したりはできないので、変異を入れたライブラリーをいかに保持するかがポイントですが、彼らはバランサー染色体と、熱ショックでアポトーシスを誘導できるhs-hidを使って、比較的簡便に系統を維持する方法を用いています。しかしバランサーを使うと、多くのSNPsを持ち込むことにもなり、それをどのように突然変異と見分けるかが重要になります。Cel-Iを用いた方法なら、ゲル上で突然変異を含むすべてのSNPsを可視化できます。とはいえ、今の時代だったら、すべてキャピラリーシークエンスしたほうが簡便ですかね。

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2011年11月15日

Targeted screening for induced mutations.

Targeted screening for induced mutations.
McCallum CM, Comai L, Greene EA, Henikoff S.
Nat Biotechnol. 2000 Apr;18(4):455-7.

化学物質などでランダムに起こした突然変異を、特定のゲノム領域のみに限定してスクリーニングすることで、逆遺伝学に近い効果を得る方法。TILLING (Targeting Induced Local Lesions IN Genomes)と呼ぶそうです。この論文が原法で、DHPLCを使ってヘテロ接合を検出していますが、その後、さらに様々なスクリーニング法が開発され、多くの栽培植物やモデル生物に応用されています。明日以降に続きます。
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2011年11月12日

TPPはまったく話題になっていない

アメリカでは、少なくともここマディソンでは、TPPは全く話題になっていませんし、こちらのニュースサイト、テレビなどでも全く聞いたことがありません。もちろん専門家や国際情勢にとても詳しい人は知っているのでしょうが、それでも数多くある政治課題のひとつに過ぎないと思います。日本での報道の多さと比べると対照的だと思います。

アメリカにとってTPPはどういう意義を持っているのか、に関しては、大前研一氏の指摘が納得のいくものです。
http://www.nikkeibp.co.jp/article/column/20111107/289750/?ST=business

また経済の視点から見たTPPの利点、または反対派の根拠の無さについては、池田信夫氏のコラムが有名だと思います。
http://ikedanobuo.livedoor.biz/

自由貿易の問題は、グローバリズムをどう考えるかという問題でもあります。TPPがどうなろうとも、世界中で同一労働同一賃金に向かって行く流れは止められませんし、それを制限することにどのような理論的、道義的根拠を与えることができるのか私にはわかりません。
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2011年11月06日

Madの名前の由来

そういえば、Mad (Mothers against dpp)の名前の由来について、長いこと疑問に思っていました。なぜmotherではなくて mothers、ofでなくagainstなのかと。

先日、何気なく同僚に訊いたところ、あっさり教えてもらうことができました。Mothers against drunk drivingという社会運動をもじっているのだとか。それで裏をとろうと調べてみると、確かに「Imaginal Discs」にも同様の記述がありました。

Imaginal Discs: The Genetic and Cellular Logic of Pattern Formation (Developmental and Cell Biology Series) [ハードカバー] / Lewis I. Held Jr (著); Cambridge University Press (刊)
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