生物学・科学に関する雑感。

現在ウィスコンシン・マディソンに研究留学中


2009年02月04日

マディソンへ来る方へ、それと、路面に注意

この春から、あるいは前後してマディソンに来る方へ。

はじめのうちは色々とセットアップが大変だと思います。とにかくマディソンは車がないと買い物や各種手続きなどが面倒ですので、何かお手伝いできることがあれば言ってください。


ところで、春になれば心配ないとは思いますが、冬の間は路面が凍っているため、歩行中の転倒に注意したほうがよさそうです。今シーズン知っている限りで、すでに2名の方が転倒して骨折されています。私も、今朝ちょっと滑ってヒヤッとしました。車のスリップにも注意したほうがよさそうです。私の車はABSが稼働しまくりです。

札幌の皆さんも注意してくださいね。私の経験では、札幌のほうがマディソンよりさらによく滑る気がします。特に横断歩道と、コンビニの床。マディソンは気温が低すぎるため、氷が靴底にピタッと貼りついて滑りにくい日もあります。しかし今日のように天気のいい日は氷の表面が溶けかけて滑りやすいです。
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2009年01月29日

Arcana Naturae

日本在住フランス人のSparnosさんによるブログ「Arcana Naturae」をリンクに追加させていただきました。なんと日仏2言語対応です!

写真のクオリティが非常に高いし、日本の風物を新鮮な感覚で紹介してくれているので、見慣れた風景も違って見えてきます。正直、すべてのものが本物より美しく見える気がします(笑)。見ていると日本に帰りたくなります。

タイトルのArcana Naturaeはラテン語でしょうか?たぶん自然の神秘、みたいな意味ではないかと思っています。ハンドルネームは、…ギリシャ語??ですか?
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2009年01月20日

ぼくゴリラ

「ぼくゴリラ」の短歌で市長賞

朝日新聞より。千葉っぽいニュースではありますが…。新聞に載るまでには多くの関門があるはずなのですが、そのすべてを、どうやって突破してしまったのでしょう。虚構新聞ではなくて、本当に朝日です。
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2008年12月28日

張り紙

I can only.jpg
ラボマネージャーのデスクにて。
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2008年10月03日

祝!!イグ・ノーベル賞!

H大の中垣先生たちが「脳を持たない原生生物である粘菌に迷路を最短ルートで解く能力があることを発見」によってイグ・ノーベル賞を受賞!とのこと!おめでとうございます!

粘菌の賢さ解明し「認知科学賞」=2年連続で日本人−イグ・ノーベル賞

確か昨年、私がH大にいたころ、M研を訪問してくださり(と言ってもすぐ近くのビルですが)、粘菌のプレートを頂いたりしたのでした。顕微鏡下で見る粘菌の動きはすばらしく、感銘を受けたものでした。

(その後、大事な粘菌のプレートはしばらく元気でしたが、そのうちニャンちゃんに猫パンチされたり、元気をつけてやろうとココア味のプロテイン(ヒト用)を与えたことで(?)カビが発生して滅んでしまいましたが…。エサにはオートミールがいいそうですね。)
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2008年09月07日

Settlers of Catanと、in situ

Settlers of Catanというボードゲームをご存じでしょうか?(日本名は「カタンの開拓者たち」らしいです。)同じ研究室のポスドクMさん(アメリカ人男性)とHさん(フランス人女性)が相当にはまっているらしく、金曜は毎週対戦しているんだとか。なぜか今回、私も誘われたので、参加してみることに。

技官のSさんに、「あ〜かわいそうに、あなたもボードゲーム中毒患者になるのね…。」的なことを言われ、いやな予感がする…。どうも、一度やるとやめられなくなるほど面白いらしい。

それはそうと、こちらに来て初めてin situ (*1)をやっていて、今日は3日目の染色、撮影の日だったのだが、夕方までにうまく色が出なくて、仕方ないのでボードゲームのあとにもういちど撮影することにして、Mさんのお宅へ。

Mさんの家はマディソン中心部から車で20分ほど離れたところにあるのだが、とても広くていい家でびっくり。家族4人と、ネコ2匹が快適そうに暮らしていました。やっぱり住宅事情は日本よりだいぶ良いみたいです。

で、Mさんの奥様の作ったチェリーパイを食べながら、Mさんとその奥さん、Hさんとその旦那さん、私、の5人でボードゲームを囲む…。はじめに、全員初めてという「Carcassonne」(日本名: カルカソンヌ)というのをやってみる。なかなか単純ながら奥が深そうだ。お城や修道院、平地に人形を並べていく陣取りゲームみたいなものだが、平地を広く押さえたHさんが優勝。

盛り上がってきたところで、いよいよSettlers of Catanを開始。お酒も回り始め、いかにみんなのやり口がキタナイかを罵り合いながら。こちらも陣取りゲームみたいなもので、島に家を建て、道路をひいて、自分の領地を拡大していくのですが、だいたい最初に家を2軒、好きなところに置く…というだけでみんなすごい長考。ひとり10分くらい?そうこうしている間に日付も変わる…。ネコも眠そうだ…。

集落(settlement)を街(city)にグレードアップする際には、鉱石(ore)のカードがたくさん必要なのだが、この「オー」っていう単語を知らなかったので、カードのイラストから判断して鉄鉱石かな〜?帰ってから辞書で調べよ…と思いつつも、街をバシバシ建てて善戦したのですが、海岸線沿いに白い街を建てまくったHさんの旦那さんが優勝。みんな相当勝ちにこだわっているので、ぶーぶー言いながら終了。どうも、もう少しで勝てそうで勝てない、というところが、やみつきになるポイントなんですかね。資源のカードを他のプレーヤーと交換してもいいので、そこらへんの交渉も面白い要素のひとつです。ま、みんなの交渉ぶりは相当にエグいのですが…。

そうこうしているうちに午前2時を回ってしまったのですが、in situの染まり具合をチェックするためにラボへ…。見ると、ほぼ期待通りの発現パターンに染まっている…。組織がちょっと傷ついていてキタナイので、正式な図にするにはもう何度かやる必要がありそうですが、院生の頃にはin situでとても苦労したので、このイージーさにはちょっとびっくりです。プロトコルが確立した材料だと、こんなもんなんですかね?まさか一発目でうまくいくとは…。ボードゲームやりながらだし。

(*1) in situ: 生物系の研究者の方には説明するまでもないけれど、遺伝子が転写されている場所だけを染め上げて、遺伝子の働きの空間的な分布を調べる方法です。
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2008年08月25日

チリメンモンスター

ちりめんじゃこに混入している生物を商品化。これはやばい。どうしていままで誰も考えなかったんでしょうか?子供のころ、しらすぼしに混入している小さなタコやカニを見つけるのが楽しみだったけ。日本にいたら買いまくっているところなんですが、残念。使いようによっては、意外に標本としての価値もあるかもと思うのですが、どうでしょう?

ジャコに紛れるエビ・タコ
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2008年07月29日

やっと自分の実験開始

先週末に当たっていたゼミを無事にこなし、実験計画などを話しました。ちょうどフランスからOBの人たちも来ていて、話を聞いてもらえたのは良かったかな。いやしかし、卒研のときなみに緊張しました。このラボには原則として学生がいないので、私がいちばんシロートっぽいのは確かです。

そういうわけで今週からは自分のプロジェクトを持ってやっていくことになり、自分のベンチ(実験スペース)を本格的に稼働させました。背後には百戦錬磨で、しかもとても優しい技官のVさんがいるので心強いです。

とりあえずPCRでも…酵素はやっぱりTaKaRaのExTaqHSでしょう。こちらのラボにもExTaqファンが数名いるようです。聞いたことのない酵素もいろいろあり、TripleMasterとか、Phusionとかいう、高フィデリティ系の酵素がよく使われているようです。

C研のPCR機はMJ社の黒くてゴツい高級機種で、このメーカーのを使うのは、これまた卒研のとき以来なのですが、いろいろいじっていたらだんだん操作法を思い出してきました。このラボではいまPCRが律速段階になっているとのことで、またもう一台ゴツいのが導入されるらしい。聞くと、結構いいお値段です。車2~3台分くらい?このPCR機一台に48well×2と96well×3が乗っているので、普通のラボなら一台で十分なような気もしますが…。技官の人たちが一斉に大量のPCRを仕掛けるので、いくらあっても足りないようです。

MJ DNA Engine.jpg
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2008年07月02日

実験成功!

こちらに来てから丸3ヶ月間、取り組んできた実験で、ついにポジティブな結果を得ることが出来ました。一緒にやっているT氏は2年前くらいからずっとやってきて、もう成功しないんじゃないかと弱気になっていたところだったので、感慨もひとしおでしょう。

スクリーニングの前に、私がDWの洗ビンを落として、あたりを水浸しにしたのですが、T氏は、「ものを落とすのは幸運が訪れる前兆だ!」(←ヨーロッパの言い伝え??)と言ってスクリーニングルームに入っていったのでした。5分もせずに、「I found it!!」と言って飛び出して来ました。そこでハイタッチ。

まだ実験系が動くことが示されただけなので、実際のデータとりはこれからになりますが、どうすればうまくいくかがわかった今、大した時間はかからないはずです。明日からは実験の目標が大きく変わり、これまで考えてきた仮説に次々に答えが出る時期になることでしょう。

Brat.jpg

昼食には、T氏のおごりでマディソン名物のBrat をいただきました。Sauerkrautを乗せすぎて真っ白くなってますが、基本はドイツ風ソーセージのホットドックです。マディソンはドイツ系移民の街なので、みんなBratを愛しているのです。
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2008年06月30日

ESL

先々週からESLのクラスが始まった。English as a Second Languageである。つまり英語が母国語でない人のためのクラスですな。J-1ビザの研究者は無償で受けることができる。ありがたい制度です。

初日にクラス分けのためのペーパーテストがあって(Placement testという)、少しなめていたら実際は100問のマーク式テストと論述があって、2時間近くかかった。

その結果、日本人が沢山いるクラスに配属。。まぁ日本人のみなさんはレベルはそう違わないということでしょうか。他にはイタリア、ブラジル、台湾、中国、韓国、イラク(!)の方たちも一緒です。イラクの方は化学者で、母国では遠心機の所持が禁止されているため…アメリカでずっと研究したいとか。その根性に比べたら、私はすごい甘ちゃんだな…。

学会などのため1週間サボってしまったけれど、月曜からまた出席します。月〜金の朝8:00から毎日あるので、生活リズムを作るのにもいいかな。
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2008年06月29日

最近の出来事

このところ色々なことがありすぎてなかなか更新できませんでしたが、元気です。

先々週〜先週は、英会話のクラスが始まったり、新しいポスドク候補がスイスやアメリカ西海岸から面接にやって来たり、Minneapolisで行われたEvolution2008に参加したり、この間まで在籍していたM研のボスであるjkjがC研を訪問してくれたりととにかく盛りだくさんでした。

それと、昨日は初めて日本人研究者による「ライフサイエンスの会」に参加し、沢山の日本人研究者の方たちにお会いすることができました。

それぞれ記事を分けて感想などを記しておきたいと思います。
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2008年06月18日

Impact Factor 2007

さて、去年は乗り遅れてしまいましたが、今年はばっちり発表当日に。

Impact Factor 2007が発表になりました。Web of Knowledgeに登録している研究・教育機関の方は、Journal Citation Reportから見ることができます。

ひととおり眺めてみましたが、大きな番狂わせは見つかりませんでした。いくつか興味ぶかい変化を挙げてみたいと思います。

Current Biology 10.988 → 10.539
Developmental Biology 4.893 → 4.714
いずれも微減だけれど、ここ数年ずっと下がっているのが気になる…。

PLoS Biology 14.101 → 13.501
ちょっと下がったけれど、いずれにしろ高止まり傾向。もうこれで4年間、このくらいの数値を維持しているので、たぶんこれからもこのまま行くでしょう。もはや一流誌と言って差し支えないと思います。PLoS Geneticsは上昇。PLoS ONEは、今年もIFが出なかった。編集方針が特殊で、そもそもIFの意義を問い直すような姿勢のジャーナルっぽいので、もしかしてこのまま出ないのかも?

Biology Letters 2.00 → 2.716
昨年初めてIFが出て、もう少し高くてもいいかなと思っていましたが、やっぱりやや上昇傾向。これくらいが妥当?

Arthropod Structure & Development 2.033 → 1.196
昨年の数値は何だったのか??過去のデータを見ると、2006年にやけにたくさん引用されているので、何か関連分野のレビュー特集号でもあったのだろうか??

BMCシリーズ
だんだん雑誌自体の数が増殖してきた(笑)。IFはやや下がったものもあるけれど、悪くない数値を維持していると言えるでしょう。

さて、M研の人は以下に注目。

Insectes Sociaux 1.481 → 1.391
最近下がり気味。もうちょっと上がって欲しいですね?

Naturwissenschaften 2.021 → 1.955
あぁ…また2を切ってしまった…。

Sociobiology 0.459 → 0.557
妥当??

Entomological Science 0.495 → 0.609
行け行け〜!

Zoological Science 1.240 → 1.125
微減だけど、でも頑張ってる。

Zoomorphology 1.211 → 1.405
少し持ち直した!

Evolution & Development 3.293 → 3.733
なかなか調子いいですよ〜。

お気に入りの雑誌のIFを上げることができるような、いい論文を書きましょう!
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2008年06月13日

ThunderstormWarning.JPG

どうも最近、天気が荒れています。よくあるパターンとしては、竜巻注意報が出て、しばらくしてから雷雨警報と竜巻警報、嵐が去ると共に洪水警報が出るという感じ。今日もこのお決まりのパターンで、今は洪水警報に変わりました。

先週末はウィスコンシンの別の街で、民家が洪水で流されていたみたいだし、マディソンでも長い停電がありました。実はそのときちょうど天候に関するエントリを書いていたところだったのに、停電で書きかけのものが飛んでしまったのです。

毎年こんな感じなのかと周囲の人に聞いたら、さすがにこんなにひどいのは今年が初めてとのこと。ちょっと安心…。
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2008年05月26日

Tornado watch

こちらはまだ日曜の夕方ですが、チョットだけラボに寄ったつもりが、雷雨警報 (T-storm warning)、その後すぐに竜巻注意報 (Tornado watch) が出て、帰れなくなってしまった…。まだ明るいはずの時間なのに、変に空がどす黒く、時々稲光が見られます。

竜巻の多い土地柄なので、各ラボには気象警報装置が設置されていて、警報や注意報が出ると電話よりちょっとうるさい音で知らせてくれるのです。竜巻の際には車でも吹っ飛ばされるので、建物の、できれば地下にいないといけないのだそうな。
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2008年05月09日

出版社との格闘

今日は夕方までは実験で、順調そのものでした。その後、5時を過ぎるとみんなパラパラ帰りだして、放課後のような雰囲気になるのですが、そこでシロアリの論文のゲラチェックに取り掛かってから、調子がおかしくなりました。

ゲラに、ものすごく沢山のミスが。前にお世話になった時は正確無比な仕事をしていたのに、この出版社はどうなってしまったんだ??校閲担当者の所在地をみると、ドイツの出版社のはずなのに、太平洋の南の島になっている!そう、人件費削減のため、アウトソーシング(外注)されていたんですね〜。安いのはいいけど、ちゃんとした仕事をしてくれい!オンラインフォームの動作も、バグってばかりでおかしいぞ!

出版社との格闘といえば。最近こちらのボスが執筆中の本について、編集部と揉めており、時折顔を真っ赤にして怒り、冷たいコーラで冷却、というのを繰り返していました。どうやら、編集者が勝手に文章を変えてしまったらしい。しかも、変えられたのはダーウィンの著書を引用したくだりで、なんと、ダーウィンの書いたフレーズを書き換えらてしまったとか!それは引用と言わないのでは…。そんなわけで、研究室内でちょっとしたネタになっておりました。
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2008年05月06日

車を買いました。受け取りは明日の夜なので、それまではまだ自転車生活ですが。ディーラーと値下げの交渉とか、ホントに出来るのかと不安でしたが、まぁなんとかなるもんだ。もっとも、セールスの人は台湾出身だったけど堂々たる振る舞いだったし、自分は外人というコンプレックスを持たないようにすれば、何事も成せばなるのだと思いました。ただ、本当に限界まで値切れたかは不明。たぶん違うんだろうな。対抗車をちらつかせたり、キックバックの額を尋ねたり、技はいろいろあるらしいのですが、そこまでの会話力はありませんので…。

こちらでは中古車の値段がとても高い。確かに実用品としての価値はゆっくり下がるはずで、日本のように中古になったとたんガクッと下がるのは実際の商品価値を反映していない、とも言えるわけですが。特にトヨタは故障が極めて少ないということで、古くなってもあまり値下がりしません。こちらでのトヨタの評判は驚くべきもので、(ランボルギニとかポルシェとかを除いて、)実用車としてはほぼ最高ブランドとして見られています。故障しないというのは事実か、ほとんど信仰のようなものか、とにかくみんな便利で快適なトヨタ車に憧れている。こういっては悪いけど、ちょっと不気味なくらいです。日本ではアメ車のほうが格好いいんだよ、というと、みんな笑ってました。夏と冬の、さらに昼と夜の気温差が大きいため、機械の寿命が短くなり故障が頻発するというのも、故障の少ない車を求める原因かも知れません。そして2年落ちの中古だと、ほとんど新車と変わらない値段です。

そういうわけで、中古のカローラにしようか新車のYarisにしようか迷ったあげく、新車のカローラに決めてしまいました。なぜなら中古は決して安くないし、Yarisは人気すぎて値下げしない、というので、どれでもあまり値段が違わなかったからです。
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2008年05月05日

カナダガンの親子

大学のキャンパスは湖に面しており、野鳥がたくさんいます。特にカナダガンは人を恐れることなく、芝生や道路の上をノコノコ歩き回っています。たまたま車が多いと、局所的にカナダガン渋滞になることもあります。

アパートから研究室に向かう時には湖の横を通り抜けるのですが、そこで毎日カナダガンの成鳥を2〜3羽みかけていました。しかし今日初めて、子連れの夫婦を発見。天気が良かったので散歩やサイクリングで通りがかる人も多く、みな立ち止まって親子を眺めていました。

geese2.jpg

geese.jpg
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2008年04月29日

日常

今日はひたすらインジェクション。顕微鏡酔いでひどい目にあった…。途中から明らかに顔色が悪かったらしく、T氏が交替してくれました。代わりに私が卵並べ。この作業もうまくいけば今週で終りなのですが、はたしてどうなるか??ハエは世代交代が速いとはいえ、一つの実験で2世代回すため、それなりに待ち時間がかかります。

帰りがけに雪。もう春だと思っていたのだが…。外気温は3℃。あぁ。

ところで、プロフィールのページを北大のサーバーに置かせてもらっていたのを、seesaaブログで独立したページを借りて引っ越しました。しばらくはあちこち移籍すると思うので、当面これが一番楽な方法なのです。
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2008年04月24日

G1原稿、採録決定

最初の投稿からなんと足かけ2年と1ヶ月、ついにG1原稿がアクセプトになりました!パチパチパチ。共著のみなさん、コメントをくれた方々、サンプルをくれた方々、本当にお世話になりました。
この論文ではシロアリのゲノムサイズについて論じています。そもそもシロアリでゲノムプロジェクトは可能なのか?ゲノムサイズは大きいのか小さいのか?という疑問から出発し、測定方法の検討、シロアリの野外採集、実際の測定、ゲノムサイズの進化の考察と、不慣れな行程を経て原稿にしたのですが、投稿してからがまた長かった。
進化生物学の分野は一般に分子生物学分野より査読がゆっくりしているとは思うのですが、ゲノムサイズ業界はホントにゆっくり、そしてコメントがねちっこい。

投稿以降の進行状況をメモしておきます。

2006年3月24日
カナダの雑誌 "Genome" 誌に投稿。
2006年6月7日
"Genome" からリジェクト通知。レフェリーのコメントはメジャーとマイナーリビジョンだったが、担当エディターがお気に召さなかったらしい。このとき私はプリンストンに短期留学中で、ラボのメンバーから慰められたことを覚えている。
2006年10月26日
原稿を大幅に刈り込んで短くした。レベルを下げるのもしゃくなので、ほぼ同じレベルのイギリスの雑誌 "Heredity" 誌に投稿。なんと当日中にエディター判断でリジェクト。さすがネイチャーグループ。判断速すぎ。
2006年10月30日
ほぼ同じか、やや通りやすいと思われるドイツの自然史系総合科学誌 "Naturwissenschaften" に投稿。
2007年1月22日
エディター判断はメジャーリビジョン。レフェリーは3人で、それぞれ、メジャー、マイナー、マイナー。メジャーといったレフェリーは、データが少ないということを問題にしているようだ。LPUという概念を持ち出して説教して来ている。そんな言葉初めて聞いた。LPUとはleast publishable unitの略で、最低どのくらいのデータだと論文にして良いか、という基準らしい。
2007年2月20日
マイナーコメントにはすべて従って修正。メジャーコメントには、「シロアリをそんなにたくさんの種類集めるのは無理。現状でも、こんな飼いにくい種類使ってるのは神業なんだけど。」という言い訳をしてみた。実際本当のことである。
2007年10月21日
あまりにも長い査読期間。このころ、来期からのアメリカ移籍が確定した。途中で一度メールで急かしたし、原稿が帰って来てからも苦情を言った。しかし前回のメジャーコメントをしてきたレフェリーは、ダメなものはダメ、という態度に出た。リジェクトにしろ、と息巻いている。エディターは査読が遅かった後ろめたさもあってか、ちょっとデータ足してみたら?といって懐柔しようとしてきた。しかも一回リジェクトするけど、実質リビジョンだからね、という小技を使ってくる。以前に同じ雑誌にお世話になっていることもあり、エディターの人柄はなんとなくわかっているので、苦情を言いたいのをぐっと我慢する。審査状況は、もはや泥沼である。こうなったら粛々と泥亀のように前進しようと決意する。
2007年11月21日
共著者の皆さんにも相談し、素早くデータを足して再投稿。エディターの愛想はとても良いし、こちらを気遣ってくれている。
2008年1月2日(編集部も、わたくしも、正月から仕事…)
新たにレフェリーが一人ついて、マイナーコメントを付けてきた。いつものメジャーコメントレフェリーは、今回ついにマイナーコメントで許してくれた。
2008年1月23日
修正原稿を送った。
2008年2月15日
ほぼいいんだけど、英語をもう一度、ネイティブの研究者に見てもらったら?というエディターのコメント。このへんから感覚がおかしくなり、引き延ばされるとむしろ嬉しいような、変な気分になる。
2008年2月29日
ちょうどjkjを通じて、ゲノムサイズの未公表データを見せて欲しい、と言ってきたオーストラリア人研究者の方に、英文校閲をお願いした。彼はjkjの長年の友人でもあるので、喜んで引き受けてくれたようです。すばらしいタイミングでした。すばやく編集部に再提出。
2008年3月29日
さらにエディターからマイナーコメント。スペルミス、リファレンスの選び方などについて。渡米準備で忙しいのだが…。このころは千葉の実家にいました。
2008年4月4日
渡米したてで、なんとかネットIDを取得し、営業開始。さっそく原稿を修正して再提出。その後、アップロードのバグなどで、原稿がもう一往復した。
2008年4月23日
ついに待望のアクセプト。いやー長かった。ドイツ人の相棒T氏が祝福してくれました。

今回、初めてjkjとダブルコレスポンディングオーサーにしてもらい、ほぼ私が編集部とやりとりしたので、大変勉強になりました。しかし、こんな長いやりとりは、できれば二度としたくないです…。
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2008年04月23日

食べ物について

私の食生活について、色々な人たちから心配が寄せられていますが、大丈夫です。ご心配おかけして申し訳ない。札幌にいたときには、やれ霞を食ってるだの、旭マメが主食だのと言われてきましたが、こちらに来たらちゃんと地元のおいしいものを食べていますよ。

〈アメリカのおしいいもの〉
オレンジ(本当に安くてうまい。日本のオレンジはもう少しがんばれないのか?逆に、なぜ安くておいしいアメリカ産が日本であまり流通しないのか?)
ぶどう(こちらも本当に安くてうまい。特に巨峰っぽい暗い色の品種がやたらうまい。品種名がわかったら報告します。)
鶏肉(圧倒的に安い上に、なぜか野性味のある味でおいしい。こちらと比較すると、日本の安い鶏は水道水みたいな味だった。)
スナイダーズのプレッツェル(日本でもソニプラなどで手に入る。プリンストンにいたころから中毒です。シンプルな味がgood。)

他にも沢山あります。アメリカはおいしいものばっかりだからな〜。(反対意見が多いことは承知していますが…。)
posted by シロハラクイナ at 07:45| シカゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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