生物学・科学に関する雑感。

書籍の紹介が中心です


2010年10月09日

政策コンテスト 研究予算をつぶされないために

日本政府は政策コンテストなるものをやっているそうですね。要は、ぜんぶ削りたい予算なんだけれども、どうしても国民が望む事業は残してやってもいいよ、というコンセプトなわけですね。従来計上されていた、教育・研究関係の予算がこの枠で論じられること自体、教育・研究に対する民主党政権(あるいは財務省)の無理解を示していると思いますが、とにかく、今回の予算編成で削らせないためには、多くの「国民の声」を寄せるしかないようです。

「元気な日本復活特別枠」政策コンテスト
http://seisakucontest.kantei.go.jp/

特に私が関心を持っているのは「成長を牽引する若手研究人材の総合育成・支援イニシアティブ」(学振PD、テニュアトラック関連)ですが、他にも日本の大学関係者であれば「「強い人材」育成のための大学の機能強化イニシアティブ」(いわゆる運営費交付金関連)にも関心を持たれているのではないでしょうか。

例によって、パブリックコメントの「数」が政策決定に影響を及ぼす可能性が否定できないので、とにかく短くてもいいから、コメントを寄せることが重要だと思います。私もこれから書きます。

このエントリは、優秀な後輩であるAさんのブログに触発されて書きました。
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2010年07月28日

進化のなぜを解明する

進化のなぜを解明する
ジェリー・A・コイン(著), 塩原通緒 (翻訳)

進化のなぜを解明する

進化のなぜを解明する

  • 作者: ジェリー・A・コイン
  • 出版社/メーカー: 日経BP社
  • 発売日: 2010/02/04
  • メディア: 単行本




特にアメリカではいまだに進化論に対して否定的な人たちが多いため、このような「進化の証拠」を提示する本は頻繁に出版されます。紹介されている研究も比較的新しいので、なかなか参考になります。特に有孔虫や放散虫の形態の進化を、化石で数百万年に渡って追跡した研究の話はとても印象に残りました。全体として、淡々としていながらもバランスの良い記述で、ダーウィン年に広く読まれるべき作品だったのだと思います。原著は2009年発行で、原題は「Why evolution is true」。

(ちなみに…この著者は私の属する研究グループとは折り合いの良くない方ですが、そして、オブラートにくるんだとしてもイマイチとしか言いようの無い論文を書かれている方ですが(過去には名作もありますが)、この著書の評判は悪くないようです。というか面白いです。)
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2010年07月09日

EvoDevo

ついに、話題のEvoDevoが創刊になりました!

http://www.evodevojournal.com/

ちょっと進化発生学関連の雑誌が増えすぎな気もしますが、オープンアクセス、カラーフィギュアやムービーも使いたい放題のメリットを考えると、EvoDevoが伸びるのではないかと予想します。(発生学関係でいまだにカラーページチャージを取る雑誌は、競争力を失っているのでは…。)とはいえ、自分の論文を投稿するとなると、評価が定まるまで3年くらいは様子を見たいですね。
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2010年07月05日

花火大会にて

この週末は、独立記念日に合わせて様々なイベントが行われています。

マディソンでもあちこちで花火大会があるのですが、Rhythm and Boomsは音楽に合わせて花火があがるというちょっと面白い趣向です。州兵(National Guard)のF16や落下傘部隊も参加して、ちょっとしたショーもありました。友人らと数人で出かけたところ、地元紙の取材を受けてしまいました。

Rhythm & Booms launches a welcomed attack on the senses

この花火大会は、観客と打ち上げ位置がとても近く、インタビューで答えているとおり、昨年は花火の灰を浴びる事ができたのですが、今年は追い風だったためか、まったく灰は降りませんでした。しかし日本ではぜったいにありえないほど近くで花火があがるので見応えは十分でした。
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2010年06月18日

Impact Factor 2009 (インパクトファクター 2009)

今年もこの季節がやってまりました。最新インパクトファクターの発表です。

念のため言っておくと、私はインパクトファクター至上主義者ではありません。が、敵を知り己を知れば百戦危うからずということで、まぁ今日の風向き程度に参考にしましょう。

と、前置きはこれくらいにして、何と言っても今回の目玉は、そう、この雑誌です。

PLoS One 4.351

すばらしい。オープンアクセスジャーナルだし、査読では方法の妥当性のみを問う(研究の価値についての判断を査読段階ではしない)という編集方針にもかかわらず、この数値。ここ数年、オープンアクセスジャーナルが次々に現れたことで、科学研究雑誌業界は戦国時代の様相ですが、PLoS Oneが台風の目になりました。これによって、かなりの老舗ジャーナルが食われていくのは間違いないでしょう。なにしろ2008年の実績では、2700報の論文が掲載されているのです。このインパクトファクターを見て、投稿しようという人はさらに増えることでしょう。

<以下、具体的な数字を削除しました。>
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2010年04月22日

冊子体

先日の論文ですが、印刷バージョンが今週出回るようです。あまり上手ではありませんが、私がつくった合成写真が表紙を飾りました。

werner cover.jpg

PubMedへのリンクはこちらです。
Generation of a novel wing colour pattern by the Wingless morphogen.
Werner T, Koshikawa S, Williams TM, Carroll SB. (2010)
Nature 464: 1143-1148
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2010年04月06日

Drosophila santomeaのゲノム

Release of a first draft of the Drosophila santomea genome sequence (v1.0)

http://flybase.org/static_pages/news/articles/2010_01/D_santomea_genome.html

そうこうしているうちに、D. santomeaのゲノムを読んでしまった人たちがいます。Illuminaシークエンサーで54bpの長さを65,900,000本読んで、非常に近い種であるD. yakubaをリファレンスとしてアセンブルしたそうです。de novo アセンブリは今後リリースされる予定だそうです。

modENCODEで読んでいる8種より、santomeaのほうが早かったんですね。Drosophilaでは、13種目のゲノムということになりますか。さらにmauritianaもWashington Univで(454シーケンサー)、albomicansが北京で読まれているようです(詳細不明)。
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2010年04月02日

今年度もよろしくお願いします

ずっと更新していなくてすみません。少し近況を書いておきます。

渡米して2年が経ってしまいました。本当にあっという間です。そして海外学振の期間が終了し、この春からはついにこちらの研究所で雇われる形になります。私にとって初の民間スポンサーです。リサーチ・スペシャリストIという良く分からない肩書きをいただきました。頑張るといつかIIになるのだろうか?シカゴからわざわざ研究所のマネージャーが来て、様々な手続きをしてくれました。医療保険や年金などは、医学研究所だけあってかなり充実しているようです。

こちらで取り組んできた例の論文は、来週水曜日(日本だとおそらく木曜未明)にオンラインで公開になる予定です。本日メディア宛にはプレスリリースが出たそうです。どこかのメディアが取り上げてくれるといいのですが。

今日のマディソンはやたら暑くて、日中の気温が26度にもなりました。ダウンジャケットを着てきてしまって持てあましています。

では、本年度もどうぞよろしくお願いいたします。
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2009年12月12日

コメント承認制

最近スパムが多いので、しばらくコメントを承認制にします。ご迷惑をおかけします。
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2009年12月10日

てこ入れ?

若手、外国人研究者支援てこ入れ 科学技術予算で首相表明

政府の総合科学技術会議が9日、首相官邸で開かれ、議長の鳩山由紀夫首相は「若手が冷遇され、外国人に狭き門となっている日本の特徴を克服しないと、科学技術で世界をリードできない」と述べ、行政刷新会議の事業仕分けで予算削減を求められた若手・外国人研究者の育成、支援にてこ入れする姿勢を明らかにした。(47ニュース、共同通信)

http://www.47news.jp/CN/200912/CN2009120901000957.html

これで一安心というところでしょうか。


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2009年12月09日

modENCODEとDrosophila8種のゲノム

modENCODEプロジェクトというものがあります。ショウジョウバエと線虫を対象に、ゲノム中に含まれるエレメントをすべて見つけ出し解析するというもののようです。

http://www.modencode.org/

見てみると、ChIP-Chipのデータが出つつあるようで、ハエの転写因子だと、dll,bab1, Enなどの結合サイトが、ゲノム全領域にわたって見られるようになっています。また、Insulatorの位置予測もされており、私がいま行っている解析にも有用な情報でした。(クロマチン制御関係の因子のデータも豊富ですが、それが何を意味するか、残念ながら私にはさっぱりわかりません…。)このまま多くのデータが蓄積されていけば、エンハンサーの解析に非常に強力なツールになりそうです。

modENCODEに関しては、他にも注目すべき情報があり、エレメントを探索するために有用と称して、さらにDrosophila8種(と線虫7種)のゲノムを読む予定のようです。現状でどこまで進行しているのかはわかりませんが、NHGRIのサイトに掲載されているので、近いうちに公開されるでしょう。いまどき、読むのは一瞬なので、アノテーションして閲覧可能にする部分に時間がかかるものと思われます。ハエの場合はすでに12種のゲノムがありますし、自動でどこまでアノテーションできるものか。

NHGRIが関わっているゲノムプロジェクトのリスト
http://www.genome.gov/10002154

Drosophila8種、線虫7種ゲノムのホワイトペーパー
A Proposal for Comparative Genomics in Support the modENCODE Project (pdf)

ちなみに、Drosophila8種とは、biarmipes, bipectinata, elegans, eugracilis, ficusphila, kikkawai, rhopaloa, takahashiiとなっております。このラインナップを見ると、誰が関わっているかバレバレですが…(C研OBのK氏です)。

自分の興味のある生物のゲノム配列が欲しいとして、シークエンス自体の値段は急激に安くなっていますので、読むこと自体よりも、アノテーションをどうするかが課題になってくるでしょう。このような大きいプロジェクトに乗ってしまえば、最高の技術を持った人たちがアノテーションしてくれるわけですから、なんともうまい方法を考えたものだと感心しました。
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2009年11月22日

事業仕分け5

このブログの影響力なんてショウジョウバエの1齢幼虫並みに小さいけれど、読んでくれている人の行動に少しでも影響を与えられたとしたら嬉しいです。草の根の活動が、積もり積もって大きな力になると信じつつ。

さて、色々な学会の公式声明も出たことだし、文科省の意見募集の締め切り(噂されていた実質的な締め切り11/20、確かにこの日までの集計がマスコミに流れた)も過ぎたことですし、若手の皆さんはここで一息といったところでしょうか。

あとはニュースウォッチをしつつ、適切な行動をとっていけばいいのですが、実際に若手支援がどのくらい削られるのかは、予算編成次第ということになります。そして、最後には政治的な決断となるはずです。

では、現状での「つつきどころ」はどこでしょうか?

政府内の構図を考えるに、行政刷新担当大臣の仙谷由人氏、および財務大臣の藤井裕久氏は、科学技術関連予算を削りたい立場、反対に、菅副総理(科学技術担当大臣を兼任)と鳩山首相は、削りたくない(少なくとも大きく削ることには賛成しない)立場のようです。こういう場合には、菅氏および鳩山氏に、「どうかよろしくお願いします」的なメールを送ったらどうでしょう?スパコン事業は、どういうわけか菅氏を見方につけることに成功したようです。

菅副総理スパコン復活に前向き 事業仕分けには異論(産經新聞)
http://sankei.jp.msn.com/politics/situation/091120/stt0911201808005-n1.htm

鳩山首相は、このところ孤立しがちな菅副総理をたてるような言動が見られますし、首相自身も、科学技術予算増額論者のようですので、私は、スパコンは復活すると見ました。若手支援が復活するかどうかの鍵は、同様に管氏の動きにあると思います。

あとは、ひな壇ではナンバー2の位置にある「ハトを守るカメ」も味方につければ万全かもしれません。彼は財政出動派ですし、発信力もありますし。

研究に忙しいことと思いますが、お時間のある方はメールでも。

首相官邸
http://www.kantei.go.jp/jp/iken.html

菅直人公式サイト「ご意見箱」
http://www.n-kan.jp/contact/index.php

亀井静香公式web ご意見・お問い合わせフォーム
http://www.kamei-shizuka.net/inquiry/index.html

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2009年11月19日

事業仕分け4

Nature Newsに、事業仕分けの件が掲載されたようです。
http://www.nature.com/news/2009/091117/full/462258a.html

過去の記事では、鳩山首相は、科学研究予算を増額すべきと言っているんですがね…。
http://www.nature.com/news/2009/090819/full/460938a.html
posted by シロハラクイナ at 16:01| シカゴ ☁| Comment(2) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

事業仕分け3 (今日、明日のうちに!)

事業仕分け対象事業に関する、文部科学省の意見募集について。

今日、明日中に投稿されたメールの数が、政策決定に重要な意味をもつ、との情報があるそうです。(社会性昆虫コンソーシアムのメーリングリストで流れている情報です。)

http://www.mext.go.jp/a_menu/kaikei/sassin/1286925.htm

「件名(タイトル)」に事業番号、事業名を記入し、担当副大臣、政務官にメールをしてください。もう一押し、がんばりましょう!
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2009年11月17日

事業仕分け2

オンライン、オフライン、あちこちで、事業仕分けの研究関連の項目について、どのようなアクションをとるべきか、という議論が起こっているようです。こういう場面ではメーリングリスト、ブログ、ツイッターなどが便利ですね。私はオフラインでの議論には参加できませんが、出来ることを探して行動していきたいと思います。大げさに言えば、我々若手研究者にとって、存亡をかけた戦いですので。

これまでの議論を見ていくと、学会のトップが連名で声明を出す、という流れになりそうなので、その件は当事者の先生方に期待したいと思います。

さて、何の肩書きもない我々ができることは何か、と考えると、署名や、文科省・民主党への個別の意見投稿が思いつきますが、それ意外に、地元選出の民主党議員に意見を送るというのが、ある程度の効果がありそうに思います。特に次回の参院選で改選の予定の議員は、有権者の意見に多少なりとも耳を傾けざるを得ないでしょう。

例えば、東京都選挙区で次回2010年に改選を迎える民主党議員は、小川敏夫氏、蓮舫氏です。東京大学はじめ、東京都内の大学に所属する若手研究者は膨大な数に上ると思いますので、彼らが有権者の一人として、一斉に意見を送れば、何らかの効果が望めるのでは?意見が物理的にかさばるFAXだと、さらに効果的かもしれません。

小川敏夫氏 info@ogawatoshio.com
練馬事務所 FAX:03-3992-5799
議員会館 FAX:03-3593-0577

蓮舫氏 info@renho.jp
議員会館 FAX:03-5512-2214

このブログの読者は東京、札幌の方たちが多いようなので、北海道のほうも挙げておきますと、2010年に改選を迎えるのは、峰崎直樹 財務副大臣です。

峰崎直樹氏 sapporo@minezaki.net
札幌事務所 FAX:011-280-0150
議員会館 FAX:03-3503-3870
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2009年11月14日

事業仕分け

若手研究者養成のための科学技術振興調整費(同125億円)と科学研究費補助金(同330億円)も削減との結論。
(47NEWSより)

行政刷新会議 「事業仕分け」 評決結果 3日目 第3ワークンググループ (pdf)

一番削ってはいけないところをやってしまいましたね。若手の皆さん、生活に困ったらアメリカに亡命しましょう。

<追記>
投げやりなことを書いてしまいましたが、日本の科学研究の将来に関する深刻な問題であるので、なにか自分にできることはないかと考え、文部科学副大臣の先生に深刻な文面のメールを送りました。読んでもらえるといいのですが。

<追記>
鈴木寛副大臣、中川正春副大臣、後藤斎政務官、蓮舫議員にメールを送りました。またNatureの東京事務所に、本件を取り上げてくれるようメールしました。

何もせずに愚痴を言っていてもしかたないので、皆さんも意見を送ってみてはいかがでしょうか。

「行政刷新会議事業仕分け対象事業についてご意見をお寄せください」
http://www.mext.go.jp/a_menu/kaikei/sassin/1286925.htm
鈴木寛副大臣、高井美穂政務官宛 suz-tak@mext.go.jp
中川正春副大臣、後藤斎政務官宛  nak-got@mext.go.jp
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2009年10月21日

h 指数

Impact Factorについてばっかり書くと怒られるので、今日は別の指数について書こうと思います。

h指数、またはh-indexと呼ばれるもので、恐ろしいことに研究者個人に点数がついてしまいます。計算方法は至って簡単で、「その研究者が公刊した論文のうち、被引用数がh以上であるものがh以上あることを満たすような数値」ということです。

ここで引用件数と論文の本数が同じhを満たさなければいけないところがポイントで、どんなに高いインパクトの論文を書いても、ただ一報しか書いていなければ、その研究者のh指数は1。どんなに沢山書いても、最大で1回しか引用されていなければ1。

年数を経るにつれ、引用件数は増えることはあっても減ることはないですし、論文の本数も徐々に増えていくでしょうから、年長者が有利なのもポイントです。論文自体の引用件数に基づいていますし、年月を経てから評価される論文も数値に反映されてきます。良い仕事をコツコツ続けた結果が反映されるので、良い指標なのではないでしょうか。

数値の最も高い生物学者は、神経科学者Solomon H. Snyderで、h=191だそうです。

その後に書くとギャップがすさまじいですが、私のh指数は6でした。
(これを引き上げるためには、被引用回数が5〜6回の論文を、頑張ってあと1〜2回、自己引用すればいいわけですが…。操作が効くのはレベルが低いからですが…。)

研究者のキャリアは、特にごく若い頃は論文があるかないか、若手〜中堅になってくるとそれなりに高いインパクトが必要で、ベテランは質と量の両方が重要、と思うのですが、h指数はうまくそれにフィットする気がします。
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2009年10月06日

ハローウィンに似つかわしいハエ

この時期、マディソン近郊の農場でも、ハローウィン用のカボチャを栽培しているところを見かけます。オレンジ色のカボチャがゴロゴロしているのでとても目立ちます。

中には割れてしまったものもあって、そうするとそれなりに色々な虫が寄ってくるようです。このハエは、この縞々と、野菜を好む性質からして、ヒョウモンショウジョウバエDrosophila (Dorsilopha) busckiiではないかと思います。大きさはキイロショウジョウバエDrosophila (Sophophola) melanogasterと同じくらい、だいたい2mmぐらいでしょうか。

buskii.jpg
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2009年09月30日

サモアで津波

サモアで大地震、津波が発生しているとのニュース。ボスがわざわざみんなに知らせて回っています。というのも、近いうちに数名がサモアに行く予定があったのですが、ハエの米国本土への持ち込み許可を待っている状態だったのです。

この地震のために、少なくとも今年中のサモア行きの可能性はなくなった気がします。道路などが、どのくらいダメージを受けているかにもよりますが。ハエはたぶん大丈夫でしょう。それはそれとして、現地の人々の被害が大きくないことを願うばかりです。
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2009年07月07日

アリと次世代シーケンサーと高校生

ウィスコンシン大などのチームは、3種のハキリアリと、共生菌類およびバクテリア14種のゲノム配列を読むプロジェクトを開始します。

Sequencing effort to chart ants and their ecosystem

ポイントは、ロシュの協力により、FLX Systemが大量のシークエンスを吐き出してくれることと、アノテーションなどの手のかかる部分を、学部生や高校生に手伝わせる、というところですね。

研究室のUndergradの話によれば、すでに授業中に勧誘が行われている模様です。最新の研究に触れるチャンス!とか言って…。猫の手も借りたいってところですかね。

なんか、この手の話は、どこかで聞いたような…と思ったら、ミルウォーキーの博物館の話でした。ボランティアを巧みに使うのは、ウィスコンシンの伝統か…。
posted by シロハラクイナ at 15:48| シカゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする